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監修・編集責任者：牛尾 昭昌（株式会社LASSIC 執行役員）

求人票に「フレックスタイム制」と書くと、それだけで柔軟な職場に見えます。ただコアタイムが実質1日分あって、実際には出退勤をずらせないという運用は珍しくありません。

そして誤解されやすいのが残業代です。フレックスタイム制でも、清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間数は時間外労働になります*1。総枠を超えて働かせるには36協定の締結が必要です*1。

厚生労働省の解説はフレックスタイム制は始業・終業時刻の決定を労働者に委ねる制度ですが、使用者が労働時間の管理をしなくてもよいわけではありませんと明記しています*1。実労働時間を把握して、適切な労働時間管理や賃金清算を行う必要があります*1。

本記事では、制度の骨格と労使協定で決める6項目、通常の労働時間制度との時間外労働の数え方の違い、清算期間を1か月超にしたときの制約、そして中途入社月の清算を整理します。制度設計は社会保険労務士等の専門家の領域ですが、求人票にどう書くかは採用側の作業です。

労使協定で決めるのは6項目、うち2つは任意

まず骨格を確認します。導入に必要なものは3つに整理されています。

厚生労働省の解説では、フレックスタイム制は一定の期間についてあらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻、労働時間を自ら決めることのできる制度とされています*1。

導入手順は次の3点です*1。

• （ⅰ）就業規則その他これに準ずるものにより、始業及び終業の時刻を労働者の決定に委ねる旨を定める
• （ⅱ）労使協定で制度の基本的枠組みを定める（事業場ごとに協定します）
• （ⅲ）清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を所轄労働基準監督署長に届け出る

労使協定で定める事項は6つです*1。

総労働時間の上限は式で決まります。清算期間における総労働時間 ≦ 清算期間の暦日数 ÷ 7日 × 1週間の法定労働時間（40時間）*1。清算期間を1か月とした場合、暦日数31日で177.1時間、30日で171.4時間、29日で165.7時間、28日で160.0時間です*1。

月によって上限が変わるという点が、通常の労働時間制度と違う部分です。なお総労働時間の定め方は一律の時間だけではなく、清算期間における所定労働日を定め、所定労働日1日当たり○時間という定め方も可能とされています*1。

厚生労働省が示している労使協定の例では、清算期間は4月・7月・10月・1月の1日から翌々月末日までの3箇月間、総労働時間は1日7時間に清算期間中の所定労働日数を乗じて得られた時間数、1日の標準労働時間は7時間、コアタイムは午前10時から午後3時まで、フレキシブルタイムは始業時間帯が午前6時から午前10時、終業時間帯が午後3時から午後7時という設定になっています*1。

「名ばかりフレックス」になる境目

コアタイムとフレキシブルタイムは任意項目ですが、置き方には限度があります。

厚生労働省の解説は明確に線を引いています。コアタイムの時間が1日の労働時間とほぼ同程度になるような場合や、フレキシブルタイムの時間帯が極端に短い場合など、労働者が始業・終業時刻を自由に決定するという趣旨に反する場合には、フレックスタイム制とはいえなくなるため注意が必要です*1。

つまり「フレックスだがコアタイムは9時から18時」は制度として成立しません。求人票に書く前に、自社のコアタイムが1日の所定労働時間に対してどれくらいの比率かを確認するところが出発点になります。

逆側の自由度も示されています。フレキシブルタイムやコアタイムは必ずしも設けなければならないものではありません*1。そしてコアタイムを設定しないことによって、労働者が働く日も自由に選択できるようにすることも可能で、フレキシブルタイムの途中で中抜けするなどといったことも可能とされています*1。

コアタイムなしにすれば、働く日そのものを選べる制度になります。これは訴求として強い一方、業務の受け渡しをどう設計するかという実務が必要になります。

求人票に書く粒度としては、次の4点まで書けるかが目安になるでしょう。

• コアタイムの有無と時間帯——無いなら「コアタイムなし」と書けます。
• フレキシブルタイムの時間帯——何時から何時まで出退勤を選べるのか。
• 清算期間——1か月なのか3か月なのか。
• 標準となる1日の労働時間——有給休暇を取ったときの労働時間の扱いにも関わります。

求人情報の表示そのもののルールは求人情報の的確な表示、企業に課される義務で扱いました。「フレックスタイム制あり」だけでは、応募者が判断できる情報になりません。勤務時間の条件を細かく書く必要性はエンジニア求人票の書き方と必須14項目とも重なります。

残業代は出る。数え方が違うだけ

フレックスタイム制でも時間外労働は発生します。違うのは数え方です。

厚生労働省の解説はフレックスタイム制を導入した場合には、清算期間における実際の労働時間のうち、清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間数が時間外労働となりますとし、なお、時間外労働を行わせるためには、36協定の締結が必要ですと付記しています*1。

36協定の書き方も変わります。フレックスタイム制においては、清算期間を単位として時間外労働を判断することになるので、36協定において「1日」の延長時間について協定する必要はなく、「1か月」「1年」の延長時間を協定します*1。

1日単位で残業を数えない、という点が通常の労働時間制度との根本的な違いです。ある日10時間働いても、清算期間の合計が総枠の範囲内なら時間外労働にはなりません*1。逆に言えば、日ごとの長時間労働が時間外労働として表に出てこないため、実労働時間の把握が欠かせません。

休日労働は別扱いです。フレックスタイム制のもとで、休日労働（1週間に1日の法定休日に労働すること）を行った場合には、休日労働の時間は、清算期間における総労働時間や時間外労働とは別個のものとして取り扱われます*1。この場合35％以上の割増賃金率で計算した賃金の支払が必要です*1。

不足した場合の扱いも決まっています。実労働時間が総労働時間に不足したときは①不足した時間分を賃金から控除するか、②不足時間を繰り越して、次の清算期間の総労働時間に合算するのいずれかです*1。ただし加算後の時間は、法定労働時間の総枠の範囲内である必要があります*1。

超過した場合は超過した時間分の賃金を追加して支払うことになります*1。「総枠に満たなければ欠勤控除、超えたら割増」という両側の清算がある制度だと理解しておくと、候補者への説明が正確になります。賃金の下限そのものの確認は最低賃金は勤務地ではなく事業場で決まるで扱いました。

清算期間を1か月超にすると制約が増える

清算期間の上限は3か月です。ただし1か月を超えると、手続と制約が両方増えます。

まず手続です。清算期間が1か月を超える場合には、労使協定を所轄の労働基準監督署長に届け出る必要があり、これに違反すると罰則（30万円以下の罰金）が科せられることがあります*1。清算期間が1か月以内の場合には届出は不要です*1。届出は労使協定届（様式第3号の3）に労使協定の写しを添付して行います*1。

次に制約です。清算期間が1か月を超える場合は、次の2つを両方満たす必要があります*1。

• （ⅰ）清算期間における総労働時間が法定労働時間の総枠を超えないこと（清算期間全体の労働時間が週平均40時間を超えないこと）
• （ⅱ）1か月ごとの労働時間が、週平均50時間を超えないこと

いずれかを超えた時間は時間外労働となります*1。厚生労働省の解説はこのため、月によって繁閑差が大きい場合にも、繁忙月に過度に偏った労働時間とすることはできませんとしています*1。

時間外労働のカウントも2段になります。①1か月ごとに、週平均50時間を超えた労働時間と、②①でカウントした労働時間を除き、清算期間を通じて法定労働時間の総枠を超えて労働した時間がそれぞれ時間外労働です*1。

厚生労働省が示している算定例では、清算期間を4月1日から6月30日までの3か月間とした場合、暦日数が91日となるため法定労働時間の総枠は520時間、週平均50時間となる月間の労働時間数は4月214.2時間、5月221.4時間、6月214.2時間と算出されています*1。

運用面の努力義務も示されています。清算期間が1か月を超える場合でも、使用者は1か月ごとに実際に働いた労働時間を労働者に通知するなどの対応に努めてください*1。3か月まとめて精算する運用は、本人にとって見通しが立ちません。

なお特例措置対象事業場（常時10人未満の労働者を使用する商業、映画・演劇業、保健衛生業、接客娯楽業）は清算期間が1か月以内なら週平均44時間まで可能ですが、清算期間が1か月を超える場合は、特例措置対象事業場であっても週平均40時間を超えて労働させるには36協定の締結・届出と割増賃金の支払が必要です*1。

中途入社月の清算という落とし穴

採用実務に直接かかわる規定があります。中途で入る人は、清算期間の途中から入ることになります。

厚生労働省の解説は次のように書いています。清算期間が1か月を超える場合に、中途入社や途中退職など実際に労働した期間が清算期間よりも短い労働者については、その期間に関して清算を行います。実際に労働した期間を平均して、週40時間を超えて労働していた場合には、その超えた時間について割増賃金の支払いが必要です（労働基準法第32条の3の2）*1。

つまり清算期間3か月の制度でも、2か月目に入社した人は「入社日から清算期間末日まで」で清算されます。3か月の総枠で平均すればよい、という扱いにはなりません。

ここが実務で問題になりやすいのは、入社直後は立ち上がりで労働時間が伸びやすいためです。短い期間で週平均40時間を超えると、その分の割増賃金が発生します。入社初月の稼働をどう置くかは、オンボーディングの設計とセットで考える話になります。立ち上がりの設計はなぜ中途エンジニアは早期に離職するのかで扱いました。

もうひとつ、清算期間が月単位でない場合の注記もあります。清算期間が月単位ではなく最後に1か月に満たない期間が生じた場合には、その期間について週平均50時間を超えないようにする必要があります*1。

副業がある人を受け入れる場合は、労働時間の通算という別の論点も出てきます。副業人材を受け入れるときの前提は副業人材の受け入れ、後から契約する側の違いで扱いました。フレックスタイム制と労働時間の通算が重なると、管理の難易度は上がります。

短時間勤務との組み合わせも検討の対象です。時短勤務で採るときの前提の違いは時短勤務での採用、フルタイム前提との違いで扱いました。

求人票に書く前の確認手順

ここまでを、書く前の確認に落とします。順番は4段階です。

• 第1段階：制度として成立しているか——就業規則等に始業・終業時刻を労働者の決定に委ねる旨があり、労使協定で6項目が定まっているか*1。
• 第2段階：趣旨に反していないか——コアタイムが1日の労働時間とほぼ同程度になっていないか、フレキシブルタイムが極端に短くないか*1。
• 第3段階：届出が要る形か——清算期間が1か月を超えるなら、労使協定届（様式第3号の3）を所轄労働基準監督署長に届け出ているか*1。
• 第4段階：清算の運用が回るか——実労働時間を把握し、超過分の追加支払と不足分の控除または繰越を運用できるか*1。

第2段階で引っかかるなら、求人票に「フレックスタイム制」と書くのは避けたほうがよいでしょう。入社後に「実際にはずらせない」と感じられれば、早期離職の理由になります。

逆に、コアタイムなしまで踏み込めている会社は、それを明記する価値があります。コアタイムを設定しないことによって、労働者が働く日も自由に選択できるようにすることも可能という設計は*1、公的な解説に裏づけのある形です。

最後に制度整備に時間がかかると判断したときの分岐を1つだけ挙げておきます。就業規則の改定と労使協定の締結、清算の運用整備には手順が必要です。柔軟な稼働を先に必要としているなら、その部分を業務委託で回し、制度が整ってから雇用に切り替えるという順番も現実的な選択肢です。時間の自由度を求める人材にあたるという意味では、入口の設計として検討する価値があります。

まとめ：フレックスタイム制を求人票に書く前の3点

第一に、制度の骨格です。フレックスタイム制は、一定の期間についてあらかじめ定めた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻と労働時間を自ら決める制度です。導入には就業規則等に始業・終業時刻を労働者の決定に委ねる旨を定めることと、労使協定で6項目（対象となる労働者の範囲、清算期間、清算期間における総労働時間、標準となる1日の労働時間、コアタイム、フレキシブルタイム）を定めることが必要で、後の2つは任意項目です。総労働時間は清算期間の暦日数を7日で割って1週間の法定労働時間40時間を掛けた総枠の範囲内とし、清算期間1か月なら暦日数31日で177.1時間、28日で160.0時間となります。第二に、時間外労働の数え方です。清算期間における実際の労働時間のうち法定労働時間の総枠を超えた時間数が時間外労働となり、36協定では「1日」の延長時間を協定する必要がなく「1か月」「1年」を協定します。法定休日の労働は総労働時間や時間外労働とは別個に扱い、35％以上の割増賃金率が必要です。実労働時間が総労働時間に不足した場合は控除か次期への繰越、超過した場合は追加支払となります。第三に、清算期間を1か月超にしたときの追加要件です。労使協定を所轄労働基準監督署長に届け出る必要があり、違反すると30万円以下の罰金が科せられることがあります。制約は清算期間全体で週平均40時間以内、かつ1か月ごとに週平均50時間以内の2つで、繁忙月に過度に偏った労働時間にはできません。また中途入社や途中退職で実際に労働した期間が清算期間より短い場合は、その期間について清算し、週平均40時間を超えていれば割増賃金の支払が必要です。まずはコアタイムが1日の労働時間とほぼ同程度になっていないかを確認してから、求人票の書き方を決めてください。

よくある質問

出典

1. *1　参考：厚生労働省「フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き」（https://www.mhlw.go.jp/content/001140964.pdf）。フレックスタイム制の定義、コアタイム・フレキシブルタイムが任意であることとコアタイムを設けない場合の効果および中抜けの可否、趣旨に反する場合はフレックスタイム制といえなくなる旨、導入に必要な3点（就業規則等への規定・労使協定・清算期間1か月超の届出と30万円以下の罰金）、労使協定で定める6項目とその留意点、法定労働時間の総枠の算式と清算期間1か月の総枠（177.1／171.4／165.7／160.0時間）、総労働時間の定め方、労使協定の例と様式第3号の3、時間外労働の考え方と36協定で1日の延長時間を協定しないこと、法定休日労働の別個扱いと35％以上の割増賃金率、過不足の清算方法、清算期間1か月超の2要件と時間外労働の2段カウント、3か月清算の算定例（総枠520時間・週平均50時間相当の月間労働時間）、1か月ごとの労働時間の通知に努めること、中途入社や途中退職の清算（労働基準法第32条の3の2）、特例措置対象事業場の取扱いの一次情報として（2026年8月確認）
2. *2　参考：厚生労働省「効率的な働き方に向けて フレックスタイム制の導入」（https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/flextime_index.html）。フレックスタイム制に関する資料やパンフレットの掲載場所および制度の位置づけの確認先として（2026年8月確認）
3. *3　参考：厚生労働省「確かめよう労働条件｜フレックスタイム制：多様で柔軟な働き方」（https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/study/roudousya_tayou_flex.html）。フレックスタイム制の基本的な仕組みと清算期間・総労働時間の関係についての解説の確認先として（2026年8月確認）

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